Да, на самом деле имеется такая проблема.
В данный момент настройки прокси делаются только для модуля ГЗ, и вы вводите параметры аутентификации в их файле.
В течение пары недель планируется обновление модулей для возможности использования прокси в самом NCALayer. Скорее всего, там пароль будет зашифровываться, но так как ключ шифрования будет в самом приложении, при должной сноровке пароль все равно можно будет прочитать. Или какие будут ваши предложения? Можно будет постоянно запрашивать пароль при запуске приложения.
Для пользователей с прокси пока вариант скачивать эти частичные обновления вручную. Например, для ГЗ
1) Закрыть NCALayer
2) скачать
crl.pki.gov.kz/updates/ncalayer.der и положить в %appdata%\NCALayer\ . Этот шаг делать не нужно, если файл обновления у вас скачивается.
3) скачать
portal.goszakup.gov.kz/portal/uploads/v3/NURSignBundle-2.0.jar и положить в %appdata%\NCALayer\bundles
4) Запустить NCALayer. Открыть управление модулями и убедиться, что установлена последняя версия модуля.
%appdata% это директория пользователя, например как, C:\Users\username\AppData\Roaming. По умолчанию можете прямо в адресную строку проводника вставить и перейти туда без проблем.