Здравствуйте!
При формировании заявки на перевыпуск ЭЦП для удостоверения личности и выбора в качестве хранилища удостоверение личности выходит сообщение: "Указанный алиас не найден в хранилище ключей" . Что это означает?

Здравствуйте!
Это значит, что у вас удостоверение, которое не поддерживает перевыпуск напрямую (с удостоверения на удостоверение). Личный кабинет таким образом, обезопасивает ваши текущие ключи от стирания.
Но можете проделать следующие шаги в личном кабинете, во избежание похода в ЦОН.
1. Сначала перевыпустить на "Персональный комьютер" (файловое хранилище).
2. Подтвердить ключом из удостоверения.
3. Войти в ЛК новым файловым ключом (AUTH_RSA256), перевыпустить на удостоверение.
4. Подтвердить файловом ключом (RSA256).
5. Если файловые хранилища более ненужны, то можете их удалить, и отозвать сертификаты в личном кабинете.