Оба файла хранят закрытый\открытый ключи. Оба файла позволяют авторизоваться на egov. Оба позволяют подписывать документы. Единственное отличие которое я нашел у одного сертификата в использовании указано "подпись и шифрование ключа", у другого "подпись и неоспоримость".
Так в чем же отличие этих файлов? И зачем НУЦ выпускает 2 сертификата?

авторизация на егов кривая. нет проверки использования ключа.

ololo написал:

т.е. регистрация по хорошему должна пускать только с RSA_AUTH?
Почему? чего нет в файле с названием "RSA.." что есть в "RSA_AUTH.." ? И там и там есть закрытые и открытые ключи, одинаковый алгоритм, не пойму какая принципиальная разница между этими файлами, для чего то же НУЦ выпускает 2 файла на одно физ лицо, почему недостаточно одного?

Разница как вы уже упомянули выше - в расширениях использования ключа. А разделены они на два, потому что по каким-то хитрым законам одним и тем же ключом нельзя совершать операции по аутентификации и подписи

СТ РК 1073-2007: п.5.1.3: Любой используемый СКЗИ ключ должен применяться только одним алгоритмом криптографического преобразования, например, только для шифрования или только для формирования электронной цифровой подписи.