Очень много вы тут написали...
Давайте все разложим по полочкам.
Вы хотите отображать пользователю электронный подписанный документ в "человекочитаемом" формате. Для
этого как нельзя лучше подходит формат PDF. И тут есть два способа подписания:
1) Встроить подпись внутрь самого документа.
2) Иметь отделенную подпись на этот документ.
В первом случае необходимо иметь соответствующие инструменты, это может быть и Adobe Acrobat Professional или какое-либо другое ПО, поддерживающее спецификацию PDF. Мы, к сожалению, не поставляем такого специализированного программного обеспечения. Для возможности подписания документа в AAP необходимо инсталлировать в ОС Windows соответствующие крипотбиблиотеки (соответствующие спецификации MS CryptoAPI), либо подгрузить их через AAP (PKCS#11), для платформ отличных от Windows. И в данном случае у нас пока нет таких библиотек для AAP. К сожалению. Работа с чистым "PDF" - проблема.
Во втором случае наш COM объект может вам помочь. Он позволяет подписывать внешние документы. Подпись на выходе можете быть в формате PKCS#7, XML или сырой подписи.
В ваше случае, было бы правильное использовать в качестве контейнера XML, в котором будет тег содержащий ссылку (file://*.pdf или
website.no/*.pdf) на документ, а также можно добавлять любые другие атрибуты.