Можно ли для подписи soap-messages использовать WSS-Security? Если да, как правильно использовать их совместно с вашими библиотеками, другими словами - что из вашего комплекта разработчика необходимо минимально использовать для правильной постановки подписи?

Спецификация WS-Security базируется на стандарте XMLDsig. Вы можете ознакомиться с этим стандартом для решения ваших задач. Наш Java криптопровайдер также использует XMLDsig.

Нам необходимо подписать SOAP with Attachments(SOAP сообщение с PDF и zip аттачментами). Как правильно использовать ваш API для его подписи? Подписывать ли аттачменты отдельно или же можно сделать одну подпись для всего - и для Envelope и для аттачментов, поместив ее в header soap-запроса. В руководстве разработчика информации об этом не нашли.

Что вы планируете использовать для формирования подписи (наш/ваш апплет, Java библиотеку криптопровайдера)?

Планируем использовать Java библиотеку криптопровайдера

К сожалению мы не предоставляем высокоуровневого API для подписи SOAP сообщений (что то вроде SignMySOAP) .
Мы предоставляем только библиотеки криптопровайдера + сопутствующие (xmlsec, commons-logging).
Если вы хотите подписать SOAP(XML), то вам необходимо ознакомиться с возможностями библиотеки xmlsec или ее альтернативами, которые предоставляют функции, реализующие спецификацию XMLDsig.
Пока что я могу вам лишь дать несколько полезных ссылок.

XML Digital Signature

XML Sign Example

Create secure Web services