Пробую, пока отрицательно.

В ГЦВП надо весь xml подписовать, получается атрибут id тэга reference должен быть пустым.
Попробывал подписать методам signXMLbytes(), подписал, проверку проходит успешно у меня.
Но тэг Signature формируется вне тэга header-a.
Вопрос, если я вырежу тэг Signature и помещу во внутрь Header-а у меня хэш подписоваемого документа не изменится?

Нет, это некорректное решение.
ГЦВП как я знаю надо чтоб был подписан тег Body. Поставьте этому тегу id="123456"
И использовать signTagXMLbytes(xmlMessageBytesIn, "id", "123456", "Header", " schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/", "..\\..\\pkcs12\\gost_deist.p12", "123456", "");

Д.Д. у вас получилось на c# сделать запрос в ГЦВП?

Добрый день!
Получилось, но надо переходить на новый криптопровайдер

я перешел на новый криптопровайдер, вызываю методы из библиотеки ManagedOpenSsl.dll.
XmlDocument docxml = new XmlDocument();

if (xmlEx.initXML() == 0)
{
byte[] xmlBytesIn = Encoding.UTF8.GetBytes(strIn);
byte[] xmlBytesOut = xmlEx.signTagXMLbytes(xmlBytesIn, "Id", t, "Header", " schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/", @"C:\Distr BPM\GCVP\Kalkan\GOSTKZ.p12", pin);
docxml.LoadXml(Encoding.UTF8.GetString(xmlBytesOut));
xdoc.InnerXml = docxml.InnerXml;
xmlEx.freeXML();
}

мне вебсервис возвращает ответ ACCESS_DENIED, как будто доступа нету. Программисты ГЦВП говорят что доступ есть. не понятно в чем проблема