И в этом случае Вы можете сохранить подпись только в формате CMS (detached).
В случае формата XML исходные данные будут вложены в структуру XML.

Спасибо за быстрые ответы

Еще возник вопрос: в вашем примере работы апплета, есть метод createCMSSignatureFromFile и чекбокс "Включить данные в подпись". Как я понимаю, если я его включаю, то в подписи будет информация о сертификате, иначе только подпись, так? Есть ли смысл включать данные в подпись? Я смогу валидировать подпись без данных в подписи? Я еще не до конца понимаю все тонкости работы с ЭЦП, надеюсь на небольшую помощь

Как раз об этом я Вам говорил.
Этот флаг означает добавление исходных данных в структуру CMS подписи. Т.е. если Вы его установите, то исходный файл будет вложен в CMS.
Если Вы не устанавливаете этот флаг, то, соответственно, исходный файл не будет вложен и при проверке подписи необходимо также иметь исходный файл (данные).
Сертификат в любом случае добавляется к подписи в CMS.

Вопрос по апплету/ncalayer: в нем есть метод sigmXML без пароля, т.е. у меня автоматом выходит форма апплета для ввода пароля и выбора ключа, удобно в общем не надо рисовать свою форму, да и пароль я не могу получить пользователя(безопастно для пользователя). Но похожего метода для подписи файла я не нашел. Т.е. чтобы самому не реализовать форму ввода пароля. Я плохо искал или действительго его нет?

Посмотрите метод createCMSSignatureFromFile
Документация и пример есть в SDK.