как я понимаю что укажем в JSON то и будет приходить в параметре jsonString в process(String jsonString, String headers) ?

да, так и есть. главное чтобы в jsonString было поле "module", чтобы бандл веб-сокета знал в какой сервис отправить этот запрос
{
"module": "kz.mycompany.mysystem.mybundle.myhandler",
...
а тут что-угодно
...
}
"headers" содержит всякую служебную информацию, которую бандл веб-сокета передает сервису. сейчас пока передается такой json
{
"origin": " www.mysite.kz"
}
"origin" сообщает с какого сайта был отправлен запрос.

Какой номер OSGi specification Release вы используете? Другими словами, какое значение олжно быть у параметра Bundle-ManifestVersion, в файле MANIFEST.MF.

Bundle-ManifestVersion можно не указывать, тогда будет применяться версия 1. Но версия 2 поддерживается. Пока явно указывать это не нужно.

В примере, в SDK, класс ModuleServiceImpl, имплементит ModuleService. Когда наш bundle будет подгружен в NCALayer, этот класс будет автоматически доступен для него? Такой же вопрос про библиотеку JSONObject. То есть мы должны в MANIFEST'е, в Import Package, указать JSONObject запись и все? И не прикладывать к своему модулю эту библиотеку?

Вообще было бы очень хорошо, если бы вы выпустили версию NCALayer для разработчиков, чтобы можно было самому тестировать на реальном NCALayer, и учесть все тонкости. Я примерно понимаю почему вы используете текущую процедуру тестирования модуля. Вы не хотите, чтобы такой NCALayer для разработчиков, с непонятным модулем, был распространен между пользователя, т.к. вы будете в ответе за него. Наверняка можно что-то придумать, например пометить такой NCALayer как тестовый, выводить постоянно окно например, после каждого обращения.

Сначала реализуется интерфейс, потом реализация этого интерфейса регистрируется как сервис при старте активатора, как в примере. После этого уже сервис становится доступным для веб-сокет обработчика и он сможет передавать данные сервису. Классы jsonobject будут доступны, если их импортировать в манифесте, если хотите использовать эту библиотеку. Классы экспортируются фреймворком.
Да, так и есть. Не хотелось бы, чтобы путаница возникла. Были идеи выводить предупреждения при запуске, ограничить по времени запуска и т.д.
Просто предположили, что у большинства разработчиков есть сертификаты для подписи кода. Так ведь можно тестировать вживую.