После подписания файла я поучаю base64 cms. Как мне его потом выгрузить как подписанный файл именно. Например я подписала pdf, теперь хочу выгрузить подписанный pdf. Но у меня только base64 с вложенными подписями сертификатами и данными

Вам нужно будет распарсить полученный CMS, извлечь исходные данные и преобразовать их в необходимый формат. В Common Bundle нет такого функционала, поэтому вам нужно будет написать свой модуль. При этом вы можете использовать knca_provider_util (Utility classes for KNCA-provider) как вспомогательный модуль, который находится в составе основных модулей NCALayer. В нем вы можете найти различные классы для работы с CMS, хранилищами ключа и т.д. Данный модуль также предоставляется в составе SDK вместе с документацией.