Ну хорошо, а где в этой инструкции то, что мне нужно?
Во-первых, там всё про Windows, а Linux указан просто в числе поддерживаемых систем. Во-вторых, там нет ни слова про установку и настройку сертификата на сервере.

Для генерации используется утилита keytool из пакета Java, которая доступна для ОС Windows и Linux.

Генерации чего?

Единственная строчка, затрагивающая данную утилиту в инструкции:
2.4 Конвертация формата P12 в JKS
Откройте командную строку (Пуск-> Выполнить->cmd.exe).
Перейдите в директорию, где находится хранилище формата P12 и введите следующую команду

keytool -v -importkeystore -srckeystoreRSA_*.p12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystoreJKSstore.jks -deststoretype JKS
RSA_*.p12 – Ваш файл хранилища

Пока что я не понимаю зачем мне конвертировать P12 в JKS на сервере.

Я извиняюсь, немного поторопился. Для генерации используется программа nitec_util_request-1.0.jar, которая находиться в архиве KNCAReqGen. Далее действуйте согласно инструкции.

Вы не могли бы уточнить: вы описываете процесс получения сертификата?
С пакетом разработчика протестировать функцию проверки ЭЦП нельзя?

Для получения SSL сертификата, вам необходимо выполнить на вашем сервере генерацию ключей и запроса согласно инструкции, далее на сайте web.pki.kz подать заявку на получение SSL сертификата, приложив запрос, который у вас получился. Для уточнения процедуры, вы можете позвонить по телефону 1414 - службу технической поддержки.